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《神秘失踪的船》讲述了解放战争时期，宋庆龄通过海外华侨将一大批军需药品秘密运往国内，然而船行至东海突然失踪。我党中央立即派人查找，国民党也出动海、陆、空军前往搜杏。原来药品船被舟山群岛海盗司令方大雨劫持。海盗们不知箱中是何物，方大雨欲请恋人海曼的父亲弄清这批货。当他赶到鱼乡小镇，发现海曼的父亲惨遭地方女匪首王八妹的毒手致伤，海曼也被绑架。方大雨将自己儿子托付法华寺方丈，只身回到岛屿。我党特派员鲁平化装成郎中，走街串巷打昕失踪船只的下落．不幸落入匪手。侦察员小郭巧妙地救出鲁半和海曼一同找方大雨。狡诈的王八妹派人暗中跟踪。万大雨感谢鲁平他们救了海曼，却始终不提归还药品的事。尾随而来的王八妹与国民党官员朱天龙对方大雨软硬兼施，欲夺药品，欲罢不能的方大雨只好趁黑夜率众离岛。老谋深算的朱天龙料定方大雨会携子而逃，于是在法华寺设下伏兵将方大雨擒获，欲将他慢慢沉入海底。